深圳研究生院吳云東院士課題組在環(huán)狀多肽的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)上取得重要進(jìn)展

時(shí)間：2016-05-12 19:42  作者：  來(lái)源：深圳研究生院

　　北京大學(xué)深圳研究生院吳云東院士課題組最近在J.Chem.Phys.Lett.（《物理化學(xué)通訊》）上發(fā)表了最新成果：使用殘基特異性力場(chǎng)進(jìn)行環(huán)狀多肽的準(zhǔn)確結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及構(gòu)象分析（Accurate Structure Prediction and Conformational Analysis of Cyclic Peptides with Residue-Specific Force Fields）。

　　多肽類(lèi)藥物介于小分子和蛋白質(zhì)之間，同時(shí)具有兩者的一些優(yōu)勢(shì)，近年來(lái)越來(lái)越受到廣泛關(guān)注。與線性肽相比，環(huán)狀多肽有構(gòu)象相對(duì)剛性、代謝穩(wěn)定性好、易 穿過(guò)生物膜等獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)，并且很多天然活性物質(zhì)都是環(huán)狀多肽。環(huán)狀多肽的活性依賴(lài)于其三維結(jié)構(gòu)，如果能通過(guò)序列準(zhǔn)確地（接近實(shí)驗(yàn)精度）預(yù)測(cè)其結(jié)構(gòu)，就可以 為該領(lǐng)域的研究提供很大程度上的幫助。

　　該項(xiàng)工作使用吳云東課題組發(fā)展的RSFF2力場(chǎng)，可以準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)出20個(gè)環(huán)肽中的17個(gè)，與晶體結(jié)構(gòu)的均方偏差（RMSD）小于1.1?。新方法的準(zhǔn)確度明顯高于之前的方法。另外，他們還發(fā)現(xiàn)相對(duì)于線性多肽，環(huán)狀多肽的構(gòu)象取樣與球蛋白更相似，為環(huán)狀多肽在藥物設(shè)計(jì)中作為蛋白分子的替代物提供了理論上的支持。

　　該論文第一作者為深圳研究生院化學(xué)生物學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院博士研究生耿浩，蔣帆博士為共同通訊作者。